《像素星际海盗》的结局围绕玩家率领的太空海盗团队展开。在经历了探索神秘星球、对抗异星生物与敌对势力后，最终任务指向阻止一场足以毁灭星系的远古能量爆发。通过收集分散的遗物并激活星际装置，团队面临关键选择：牺牲部分成员以彻底封印能量，或冒险全员存活但可能导致隐患。结局动画根据选择呈现不同画面——或是悲壮的星际纪念碑，或是团队欢呼却伴随远方能量波动的暗示。游戏以像素风格呈现宏大场景，留给玩家对冒险意义与代价的开放式思考。