要根除文件夹exe病毒，可按照以下步骤操作：首先，显示隐藏文件（取消勾选“隐藏受保护的系统文件”并选择“显示隐藏的文件”）。其次，删除所有可疑的.exe文件和autorun.inf文件。接着，使用杀毒软件（如360安全卫士、火绒等）全盘扫描，清除残留病毒。然后，修复注册表，删除病毒创建的启动项。最后，预防再次感染：禁用U盘自动运行，定期更新杀毒软件，避免下载不明来源的文件。若系统严重损坏，可考虑重装系统并格式化所有磁盘分区。